ジャック・バウアにとってテロリストは上司の仇でもある。ウイルス兵器を取りかえすことは先決だが、ここからジャックの猛反撃が始まる。

ジャックはついにテロリストのアジトを発見し、CTU部隊で包囲する。ついにテロリストは追い詰められた。ここからジャックは相棒のチェイスと共に潜入。テロリストの部下をどんどん倒していく。

しかし、ここでテロリストはある作戦に出る。その作戦はなんと、ミシェルの誘拐だった。ミシェルを誘拐して、アルメイダを操り、ジャックの包囲網から抜け出そうとする。

ようやく、ミシェルがウイルスに感染しているかどうかの検査の結果が届いた。

ミシェルは勇気を振り絞ってその結果を知ろうとする。CTUではミシェルの結果の知らせを待っているトニー。運命の瞬間が訪れた。

幸いなことにミシェルはウイルスに感染していなかった。ほっと胸をなで下ろすミシェル。

一方。ジャックは死んだ上司が残した最後の手がかりを突き止めた。テロリストの潜伏場所を掴むとすぐさま、CTU部隊まとめて現場へ結構。逃げられないように包囲網を強いていく。

敵はまだウイルスをもっている。全てを壊さない限りは決して安心出来ない。ここからシーズン３は一気に加速していく。

シャペルが死んだ。ジャックにとってはそれほど良い上司ではなかった。しかし、彼が優秀だったことは言うまでもない。金の流れからテロリストの居所を暴こうとした。それを見破られてテロリストに殺された。やったのはジャックだが、ウイルスを持っているテロリストを逮捕にはこれしか方法がなかった。

だが、シャペルが死んでも彼らの要求が消えるわけではない。病院では次々と感染者が増加して、もはや、収集がつかない状態。それでもミシェルは必至に患者の命を救おうと動く。そして、彼女のウイルス判定がいよいよ訪れる。

トニーは信じている。ミシェルがウイルスに感染しているはずはないと。

一方で、ウイルスに感染している乗務員がホテルから抜け出す事態が発生。彼を放置していれば、街中にウイルスがばらまかれてしまう・・・。

24では衝撃的なシーンはいくつもあるが、筆者的にはこのシーズン3が1番であった。

シャペルが銀行口座の金の流れからテロリストの正体を掴もうとしていた矢先、パーマー大統領へかかってきたテロリストの要求。それはホテルで感染した客を殺すか、シャペルを殺すかの決断だった。

テロリストの要求に従わなければすでに発症した患者は死亡する。しかし、そのために優秀なCTU捜査官の命を差し出すのは･･･大統領はジャック・バウアに連絡する。

ジャック・バウアは大統領からの指令に耳を疑う。しかし、時間がない。シャペルを殺さなければ大勢の人が死ぬ。決断は一つしかなかった。

ジャック・バウアはシャペルとヘリに乗った。そして、要求通りにジャックはシャペルを撃った。その時、音が消えた･･･。いつものカウントダウンすらならなかった。

既にホテル内は地獄絵図と化していた。

テロリストが仕掛けたウイルスはホテル内で充満し、泊まっていた客は鼻血を出し始めた。自分たちに一体何が起きているのか。CTUの医療班は真実を伝えられないまま、時間だけが過ぎる。そんな中、CTUで金の動きを追っていたシャペルがテロリストに一味に関する重要な情報を掴んでいた。

シャペルは今まで、ジャック･バウアと敵対していた上司だが、仕事の腕は一流である。そのシャペルがもう少し何かを掴めそうだという。サンダースを見つける手がかりとなるのか。ホテルのウイルスの被害が拡大する中、ジャック・バウアはサンダーズの行方を捜すが、相手は一枚、二枚も上手だった。そして、パーマー大統領にテロリストから電話がかかってくる。