24 シーズン３もいよいよここでラストとなる。

ウイルス兵器をテロリストから奪取して、CTUの勝利に終わるかとおもいきや、別の場所で最後のウイルス兵器が仕掛けられていた。しかも、その場所は学校である。ジャックとチェイスはすぐさま現場に直行。ウイルス兵器を探すが時間がほとんど残されていない。

このままでウイルスは爆発する。ジャックとチェイスは二手に分かれて必死に捜索を続ける。そんな中、別行動を取っていたチェイスがテロリストを見つけて激しい戦闘へ。なんとか勝ったもののウイルス兵器を持ち運びさせないように手錠で自分と結びつける。しかし、その手錠の鍵はなくしてしまう。

そこにジャックが駆けつける。ウイルス兵器が爆発するまで時間はない。ジャックはこのままだとチェイスの命が危ない。そこで苦渋の決断をくだす。ジャックはチェイスの腕を切り落とした。

これが24シーズン3のなんとも言えないラストである。確かにウイルス兵器は完全に除去したが、それによって、チェイスはCTUにいられなくなった。トニーはミッシェルを助けようとしたばかりに、逮捕された。ジャックと娘の関係もチェイスの事で壊れ始める。

ジャックとテロリストのサンダーズとの最後の決戦。ウイルス兵器による大量虐殺を企てるテロリストを放置するわけにはいかない。ジャック・バウアが大暴れする。結果的とＣＴＵの勝利におわり、ウイルス兵器も除去に成功。

何もかもが順調に思えたその時、最後のウイルスがとある場所に仕掛けられていることが判明。しかも、そのウイルスは時限式で時間に間に合わなければ、周囲にウイルスをまき散らすというとんでもないものだった。

シーズン3もあと1時間。ジャックとCTUメンバーは最後のウイルスを確保できるか。

ミッシェルを人質に取られてしまい、テロリストのサンダースに協力せざる得なくなったトニー。

CTUの完璧な包囲から彼を抜け出させると、そのまま記録映像まで消しにかかる。サンダースはミッシェルを還して欲しければジェーンを連れてこいという。トニーはCTUからジェーンを連れてサンダースとの交渉に臨むが、それはCTUに見つかってしまい、ジャックの耳にはいる。

すぐさま、ジャックはトニーの独断を阻止すると、サンダースとの交渉場所に特殊チームを配備。いよいよ、最後の決戦が行われようとしていた。

ジャックは数々の犠牲を払い、テロリスト達を追い詰めた。CTUの包囲は完璧だった。しかし、犯人がいた痕跡が残る場所には誰もいなかった。おかしい。何かがおかしい。ジャックは仲間とともにテロリストを探索するが見つからない。

実はテロリストはトニーによって逃がされていた。トニーはホテルにいたミシェルを人質にされて、犯人の要求を飲むしかなかったのだ。犯人を逃がすために防犯カメラを操作するトニー。さらに犯人の足跡を消すために、CTUの防犯データまで削除していく。

完全操り人形とかしたトニー。犯人が追い詰められないジャック。しかし、トニーの異変に気づいたものがいた。

数々の犠牲を払いようやくテロリストを追い詰めたジャック・バウア捜査官とCTUのメンバー。今回に至るまで上司を殺すことになったジャックにとってテロリストは絶対に許してはならなかった。そんな決意もあり、ここからジャック無双が始まる。

見張りを銃で撃ち、迫ってくるテロリストの部下も次々と撃退。逃げるテロリストにはCTUが全方位。完全勝利ともいえる制圧作戦である。一部屋ずつテロリストを追い詰めていくジャック。しかし、どこを探してもテロリストの姿がない。

おかしい。逃げ場はない。最後の部屋を確認したジャック。何かがおかしい。完全に包囲したはずなのに消えたテロリスト。もちろん、ウイルスも運び去れていた。