ジャックは数々の犠牲を払い、テロリスト達を追い詰めた。CTUの包囲は完璧だった。しかし、犯人がいた痕跡が残る場所には誰もいなかった。おかしい。何かがおかしい。ジャックは仲間とともにテロリストを探索するが見つからない。

実はテロリストはトニーによって逃がされていた。トニーはホテルにいたミシェルを人質にされて、犯人の要求を飲むしかなかったのだ。犯人を逃がすために防犯カメラを操作するトニー。さらに犯人の足跡を消すために、CTUの防犯データまで削除していく。

完全操り人形とかしたトニー。犯人が追い詰められないジャック。しかし、トニーの異変に気づいたものがいた。

数々の犠牲を払いようやくテロリストを追い詰めたジャック・バウア捜査官とCTUのメンバー。今回に至るまで上司を殺すことになったジャックにとってテロリストは絶対に許してはならなかった。そんな決意もあり、ここからジャック無双が始まる。

見張りを銃で撃ち、迫ってくるテロリストの部下も次々と撃退。逃げるテロリストにはCTUが全方位。完全勝利ともいえる制圧作戦である。一部屋ずつテロリストを追い詰めていくジャック。しかし、どこを探してもテロリストの姿がない。

おかしい。逃げ場はない。最後の部屋を確認したジャック。何かがおかしい。完全に包囲したはずなのに消えたテロリスト。もちろん、ウイルスも運び去れていた。

ジャック・バウアにとってテロリストは上司の仇でもある。ウイルス兵器を取りかえすことは先決だが、ここからジャックの猛反撃が始まる。

ジャックはついにテロリストのアジトを発見し、CTU部隊で包囲する。ついにテロリストは追い詰められた。ここからジャックは相棒のチェイスと共に潜入。テロリストの部下をどんどん倒していく。

しかし、ここでテロリストはある作戦に出る。その作戦はなんと、ミシェルの誘拐だった。ミシェルを誘拐して、アルメイダを操り、ジャックの包囲網から抜け出そうとする。

ようやく、ミシェルがウイルスに感染しているかどうかの検査の結果が届いた。

ミシェルは勇気を振り絞ってその結果を知ろうとする。CTUではミシェルの結果の知らせを待っているトニー。運命の瞬間が訪れた。

幸いなことにミシェルはウイルスに感染していなかった。ほっと胸をなで下ろすミシェル。

一方。ジャックは死んだ上司が残した最後の手がかりを突き止めた。テロリストの潜伏場所を掴むとすぐさま、CTU部隊まとめて現場へ結構。逃げられないように包囲網を強いていく。

敵はまだウイルスをもっている。全てを壊さない限りは決して安心出来ない。ここからシーズン３は一気に加速していく。

シャペルが死んだ。ジャックにとってはそれほど良い上司ではなかった。しかし、彼が優秀だったことは言うまでもない。金の流れからテロリストの居所を暴こうとした。それを見破られてテロリストに殺された。やったのはジャックだが、ウイルスを持っているテロリストを逮捕にはこれしか方法がなかった。

だが、シャペルが死んでも彼らの要求が消えるわけではない。病院では次々と感染者が増加して、もはや、収集がつかない状態。それでもミシェルは必至に患者の命を救おうと動く。そして、彼女のウイルス判定がいよいよ訪れる。

トニーは信じている。ミシェルがウイルスに感染しているはずはないと。

一方で、ウイルスに感染している乗務員がホテルから抜け出す事態が発生。彼を放置していれば、街中にウイルスがばらまかれてしまう・・・。